I magneti superconduttori sono realizzati sfruttando il fenomeno secondo cui la resistenza dei materiali superconduttori diminuisce fino a zero ad una certa temperatura. Solitamente sono realizzati in materiale in lega di niobio-titanio e raffreddati da elio liquido (4,2K). Quando la corrente passa attraverso la bobina magnetica, dopo il campo magnetico, scollegare l'alimentazione per formare un campo magnetico stabile e uniforme. Il magnete mantiene la bobina al di sotto della temperatura critica attraverso il refrigerante e non è necessaria alcuna alimentazione aggiuntiva.

I magneti superconduttori possono produrre una maggiore intensità del campo magnetico, una migliore stabilità del campo magnetico e uniformità del campo magnetico. Ciò significa migliore qualità dell'immagine, migliore rapporto segnale-rumore, contrasto e risoluzione e maggiore velocità di imaging.

I magneti superconduttori convenzionali hanno generalmente una struttura a forma di botte, che è soggetta a una potenziale "claustrofobia" e non favorisce l'intervento medico e l'osservazione dei segni degli animali domestici sotto anestesia. Inoltre, poiché il magnete superconduttore convenzionale ha un campo magnetico disperso maggiore, è necessaria un'area di installazione del dispositivo più ampia.